Những nhà phê bình cáo buộc Tổ chức Phóng viên không biên giới đã tường trình về việc phân biệt đối xử nhà báo một cách có chọn lọc trước. Việc chọn lọc các nước mang định hướng của sự chọn lọc từ Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ, bỏ qua tất cả các tường trình về những hoạt động chống lại nhà báo trong những nước đồng minh của Hoa Kỳ (Philippines, Ả Rập Xê Út) hay chính trong Hoa Kỳ.[12].

• RFS chịu nhiều cáo buộc vì đứng đằng sau những vụ việc phức tạp, gây rối và thậm chí bạo lực ở một số quốc gia như Cuba, Nam Tư, Venezuela ,..[13]

Theo một số nguồn tin thì quỹ hoạt động của RSF là một phần từ Chính phủ Pháp, một phần từ Chính phủ Mỹ bằng nhiều đường khác nhau như qua Quỹ quốc gia hỗ trợ dân chủ (NED).[14]

Xếp hạng của RSF luôn dựa vào “danh sách đen” của Bộ Ngoại giao Mỹ, mà “danh sách đen” này luôn nổi lên các nước như Iran, Syria, Triều Tiên, Việt Nam, Cuba, Trung Quốc; nhưng RSF lại né tránh, không đưa ra bất kỳ báo cáo nào về hoạt động chống lại nhà báo của Mỹ và các đồng minh. Thí dụ, RSF không đưa tin về những người hoạt động trên lĩnh vực truyền thông bị giết hại tại Philippines, mặc dù từ năm 1986 đến nay có 176 nhà báo bị giết hại ở nước này. Rồi trường hợp 5 người Cuba bị giam ở Miami, nhà báo M.A.Jamal (M.A.Gia-man) bị kết án tử hình, nhưng RSF không đề cập qua bất cứ câu chữ nào trong các bản báo cáo. 

• Tổ chức đã im lặng nhiều năm trong vụ người quay phim của Al Jazeera, Sami Al-Haj, đã bị bắt cóc tại Pakistan lúc đang trên đường công tác đến Afghanistan, bị tra tấn và vào ngày 13 tháng 6 năm 2002 đã bị dẫn về Guantánamo.[15][16]
• Tổ chức hoàn toàn không nói gì về vụ của nhà báo người da đen Mumia Abu-Jamal.
• Việc 16 nhà báo bị giết chết trong lần NATO không kích đài truyền hình Nam Tư RTS cũng không được nhắc đến trong bất cứ một bản tường trình hằng năm nào của tổ chức.[2].
• Ngày 25/3/2014, Báo Quân đội Nhân dân có bài viết với tiêu đề: ""Cái nhìn thiếu thiện chí của RSF về tự do báo chí ở Việt Nam"" nhằm lên án và chỉ trích Phóng viên không biên giới vì cái nhìn thiếu khách quan về tự do báo chí ở Việt Nam. ("Cái nhìn thiếu thiện chí của Phóng viên không biên giới về tự do báo chí ở Việt Nam")
• Ngày 1 và ngày 5 tháng 8 năm 2016, Báo Nhân Dân có bài viết với tiêu đề "RSF và cái gọi là Bảng xếp hạng tự do báo chí" (xem mục Chỉ số tự do báo chí) và sử dụng những nguồn tin tức ở Đức để lên án tổ chức RSF vì cái nhìn thiếu khách quan về tự do báo chí ở Việt Nam.[17][18] Cụ thể là Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam, Nguyễn Phú Trọng đã bị đưa vào danh sách 35 nhà khống chế tự do báo chí từ năm 2011 cho đến nay (2016) [19]